Sofort gründet sie das SOS-Brigade, einen inoffiziellen Schulklub, der sich mit außergewöhnlichen Dingen beschäftigen soll. Kyon wird von ihr als erstes Mitglied auserkoren - sehr zu seinem Leidwesen, denn ist er doch genau das Gegenteil von Haruhi und hat sich nie besonders für solche Sachen interessiert. Mit der tollpatschigen Asahina, der schweigsamen Leseratte Yuuki (deren Literatur-Clubraum von Haruhi kurzerhand requiriert wird) und dem besonnenen Koizumi finden sich bald drei weitere Club-Mitglieder ein. Bald jedoch muss Kyon erkennen, dass es mit Haruhi noch weit mehr auf sich hat, als es zunächst den Anschein hat und auch die anderen Mitglieder alles andere als gewöhnlich sind.


Die 2009er Version des Anime vermischt die ersten 14 Episoden, schon bekannt aus Suzumiya Haruhi no Yuuutsu, mit 14 neuen, wobei die gemischte Ausstrahlung durch die hier nun korrekte Chronologie der Ereignisse entsteht.